Znak praporu
Na třešňově červeném, pětiúhelníkovém štítě s modro-žlutě (zlatě) polceným lemem jsou položeny dvě zkřížené pušky s nasazenými bodáky v přirozených barvách. Znak odkazuje barvou lemu na sídlo jednotky kde byla založena - tradiční posádkové město Jindřichův Hradec. Zkříženými puškami (symbolicky podobné československým Puškám vz. 24), barvou štítu - tradiční barvu pěchoty (třešově červená) odkazuje znak na tradice pěších jednotek československé armády.
8.května 2011 propůjčil prezident republiky našemu útvaru čestný název 44. lehký motorizovaný prapor "Generála Ereta" po významné osobnosti jindřichohradeckého Pěšího pluku 29, na jehož tradice 44. lmopr navazuje.
Bojový prapor
Bojový prapor útvaru převzal z rukou prezidenta Václava Klause dne 28. 10. 2011 velitel 44. lehkého motorizovaného praporu pplk. Ing. Roman Náhončík v Praze na Vítkově. Bojový prapor obdržel 44. lehký motorizovaný prapor na základě rozkazu prezidenta republiky č. 5 ze dne 29.září 2011.