Organizační jádro 44. lehkého motorizovaného praporu vzniklo pod velením podplukovníka Romana Náhončíka 1. dubna 2008. Prapor svou činnost zahájil 1. října 2008 a nahradil 153. záchranný prapor Jindřichův Hradec.
Nová struktura a úkoly praporu jsou od toho předchozího odlišné. Kromě štábu, velitelské roty, roty logistiky a roty zbraní má také 3 motorizované roty. Do struktury praporu jsou mimo jiné začleněny další tyto prvky: skupina odstřelovačů, průzkumná četa, obvaziště a prvek posádkové podpory. Na tuto novou strukturu prapor přešel v roce 2020.
44. lehký motorizovaný prapor (44. Infantry motorized light batalion – ekvivalent „NATO CS“) je nasaditelný útvar. Je součástí pozemních sil AČR. V míru i za války je organizačně začleněn do struktury 4. brigády rychlého nasazení Velitelství společných sil. Prapor je předurčen k plnění úkolů v operacích na území ČR nebo mimo a to samostatně nebo v rámci uskupení. Prapor může plnit úkoly:
1) na území ČR:
a. v sestavě 4. brigády rychlého nasazení,
b. nasazení k záchranným a likvidačním pracím v rámci IZS,
c. posílení dekontaminačních míst,
d. výstavby materiální základny humanitární pomoci (jedná se o jakési stanové městečko, které může být použito například v případě živelných nebo ekologických katastrof),
e. posílení policie ČR,
f. střežení vybraných ODOS.
2) mimo území ČR:
a. v rámci vojenských i nevojenských operací při respektování vlastní mobility, palebné síly a stupně ochrany,
b. zpravidla v sestavě uskupení, nebo samostatně, jako ochranná jednotka míst velení, doprovodů konvojů a zabezpečení humanitárních základen,
c. být nasazen v operacích jako celek nebo po pěších rotách.
V čele jindřichohradeckého praporu stojí velitel, který je přímo podřízen Veliteli 4. brigády rychlého nasazení.
Motorizované roty jsou hlavní bojovou silou praporu. Plní úkoly v rámci společné nebo kombinované expediční operace, provádí taktické rozvinutí v extrémních klimatických podmínkách, i v jakékoliv roční i denní době, za každého počasí a v téměř jakémkoliv terénu. Pro plnění úkolů dočasně vyčleňuje jednotky v síle družstva a výše. Základem úspěchu motorizovaných rot v boji je dovedné provedení manévru silami a palbou. Jejich boj se uskutečňuje v součinnosti s ostatními silami a prostředky lehkého motorizovaného praporu.
Bojovou (palebnou) podporu motorizovaným rotám poskytuje rota zbraní. Ta má ve své sestavě četu automatických granátometů a minometnou četu. Tyto jednotky se rozhodujícím dílem podílejí na úspěšném splnění úkolu motorizovaných rot.
Velitelská rota je určena k zabezpečení komunikační a informační podpory systému velení a řízení. Zabezpečuje rozvinutí spojovací soustavy a vzájemnou komunikaci s nadřízeným, v rámci vlastních sil a s podřízenými. K všestrannému logistickému a bojovému zabezpečení velitelství a štábu praporu v míru i v poli. Podílí se na budování a zabezpečení činnosti velitelského stanoviště praporu především v poli. Zajišťují provoz vojenské techniky ve prospěch hlavních funkcionářů praporu. Plní úkoly bojového zabezpečení v oblasti průzkumu, ženijního průzkumu a radiačního a chemického průzkumu. .
Rota logistiky je určena k zabezpečení logistické podpory praporu v posádce i v poli. Zabezpečuje správu a údržbu UVZ.
Samozřejmě nic z výše uvedeného by se nedalo uskutečnit bez štábu praporu, který vše plánuje a řídí.
Hlavními dopravními prostředky příslušníků praporu jsou zejména jejich vlastní nohy a dále pancéřované vozy LOV IVECO, vozy Tatra 810 a vozidla LRD 110 Defender.
Moderní vojenská historie Jindřichova Hradce je spojena s působením stále vojenské posádky od roku 1860. 44. lehký motorizovaný prapor generála Josefa Ereta je pěchotním praporem, který navazuje na historii a odkaz 75. pěšího pluku hraběte Grenevila v době c. a k. Rakouska – Uherska a 29. pěšího pluku Josefa Švece v době první Republiky, kterému velel tehdy pplk., gšt. Josef Eret.